三、如何识别全新毒株

新冠病毒基因组的长度为29903（约3万）个碱基，技术不是那么发达的时候，技术人员测定整个基因组可能要耗费数周甚至数月的时间。凭借全基因组测序技术，可以一次性完成之前数月的工作。

全基因组测序需要在实验室里进行，依赖高性能计算机和芯片，至少分析数小时才能完成。如果批量做新冠基因组测序，成本约为每次几百元，远远高于核酸单管的16元/次。

这是第一步。如果新毒株（以下用X代替）危害性很大需要管控，在新毒株的基因组明确后，可以利用PCR检测做针对性的识别。

例如Alpha疫情时期，英国用PCR识别Alpha，具体办法是：赛默飞某款PCR试剂盒，同时测刺突蛋白、N蛋白和ORF1ab。

赛默飞的刺突蛋白引物，故意针对的是69/70位点，而Alpha正好有69/70缺失突变，所以用该款试剂盒测试为阴性。但用其他试剂盒测试，结果为阳性。所以该试剂盒阴性+其他试剂盒阳性，大概率就是Alpha。

我们可以选择新毒株的特征基因组片段，开发针对性的试剂（试剂A，不识别X），就可以用核酸检测的手段筛查该毒株的感染人群。筛查中可同时选用普适性的试剂（试剂B，可以识别大多数新冠病毒）。如果A阴性，B阳性，判定感染毒株X。

也可以用类似策略开发只能检测到X的试剂C，只要试剂C检测阳性，就可以判定感染X。但由于毒株还在持续突变，以上策略准确性不是100%。

是否能混检取决于人群X毒株感染率，如果感染率很低，可以采用20混1或者10混1的方式加快筛查速度。如果感染率较高，就只能单管检测。

找到感染者后，还可以用流调的方式对传染链进行追踪，但流调只能在扩散初期起到效果。

Nextstrain.org上新冠病毒的进化树

四、早发现早控制新毒株难度很大

但在目前防控措施放开的情况下，早发现、早控制新毒株的难度也变得很大。

首先是筛查覆盖面偏小，很难做到早发现。根据中国疾控中心病毒病所所长许文波披露的数据，2022年12月中国疾控中心通过抽样调查，完成了1142个病例的全基因组测序，发现奥密克戎变异株亚分支BA.5.2和BF.7占全国流行的绝对优势，两者合计超过80%。此外，还有7个奥密克戎变异株亚分支也在流行。

即使加上其他地方疾控中心和医院的测序，全国一个月只测序了不到3000例，相比庞大的感染数据来说，抽样的比例很低。

其次，测序能力地域上很不均衡。东部发达地区测序多，中西部地区测序很少，西部地区省份只有省级疾控中心有测序能力，实际测序量很少。如果全新毒株从乡镇开始传播，很可能发展到县内普遍感染，外溢较多的时候才能监测到。

第三，开发特定的核酸检测试剂需要时间。在明确基因组序列后，还需要设计并测试试剂，测试完成后，还需要进行生产、分发，然后才能投入使用。

第四，搜集该毒株的重症率，以及做出决策也需要时间。如果要决策防疫政策的调整，需要数据支撑，最重要的数据为重症率。

按一般规律，大多数病例有3天左右潜伏期，出现症状一周以上才可能发展到重症。所以在疫情开始传播14天以上才可能有较完善的重症率数据。如果要求数据较为可靠，则周期还会更长。新冠传播速度为2天一代，2-3周的时间足以感染疫情爆发地区较大比例的人群，在这个阶段，防控措施很难起到理想的效果。

第五，流调能力有限，很难承担围堵任务。根据流调实际经验，如果能靠落地检筛查到病例，东部发达地区可以靠流调和小范围隔离将疫情控制在萌芽阶段。但如果传染链已经扩散一周左右，基本无法低成本控制。

眼下由于新冠防控措施放开，多数东部地区的流调中心已经解散，即使下决心重组，也需要一段时间才能正常工作。中西部地区流调能力更差，由于软硬件、财政、人员素质等因素，从2020年至今未能建立起合格的流调体系。在2022年秋季疫情中，多地不能在早期感染者数量还不多的窗口期控制疫情，直到感染者人数挤兑了隔离能力。如果需要重新防控，流调能力不足的问题依然存在。

2022年9月，贵州省疾控系统派出400余人开展流调溯源遏制疫情蔓

而出现全新毒株的话，境内出现和境外出现的结果又完全不同。

如果重症率高的新毒株出现在境外，则疫情输入到我国存在一定时间差，在这段时间内，国外研究机构和医疗机构已经对病毒进行研究，并获得了一定数据。

在疫情输入我国时，我们已经掌握病毒基因组数据和一部分重症率数据，可以及时完成决策并调整。所以可以靠加强边境管理限制疫情输入，即使有小规模的疫情输入，还来得及用核酸筛查+重启流调的方式将新毒株清零。

如果新毒株在境内偏远地区出现，由于发现时（住院数据异常）疫情可能已经广泛传播，获取和核实数据也需要时间，决策时间和处置时间就非常紧张了，控制毒株扩散难度很大。

而眼下正是春节假期，由于春节人员流动性很大，如果境内出现全新毒株，防控更难。